보건행정학과는 보건의료관리학과와 보건의료공학과로 출발하여 보건의료관리학과는 광주‧전남지역에서 처음으로 2010년에 보건의료 및 복지 분야의 경영, 행정, 홍보와 관련된 전문교육을 하는 학과를 개설하였으며, 보건의료공학과는 의료공학의 보건의료서비스 인력 수요에 부응하기 위하여 효과적인 교육프로그램과 최첨단의 실험 실습실 및 실험·실습장비 등을 갖추어 2010년 본교 보건복지교육대학 소속 학과로 신설되었다.

2010년 보건의료관리학과 40명 정원과 보건의료공학과는 30명 정원으로 운영하다 2017년 유사한 교육내용으로 통합되어 50명 정원 보건행정학부로 새롭게 개편되어 세부 전공을 보건의료관리와 보건의료정보로 나누어져 운영되었으며, 2014년부터 보건의료관리학과 대학원 석사과정을 신설하여 운영하고 있다.

보건행정학부는 2017. 3월 보건의료관리학과, 보건의료공학과가 보건행정학부로 통합되어 모집 정원 50명으로 제1회 학생을 모집하여 2021년 2월 제1회 보건행정학부 졸업생 72명을 배출하였으며, 보건행정학부의 연혁은 다음과 같다.